Akademik Yayıncılık ve Dergilerİstatistik ve Metodoloji

Klinik Araştırmacının Temel Kaynakları

CARE Kılavuzu – Vaka Bildirisi Yazım Kılavuzu​1​

(The CARE Guidelines: Consensus-based Clinical Case Reporting Guideline Development)


Advers Olay Bildirimi Kılavuzu

Guidelines for submitting adverse event reports for publication


STARD Kılavuzu

Testlerin Tanısal Doğruluklarını İnceleyen Çalışmalar için Kılavuz

http://www.stard-statement.org/

STARD Kılavuzunun Hikaye ve Fizik Muayene Çalışmalarına Uygulanması​2​

Simel – Application to the History and Physical Examination


CONSORT 2010 Kılavuzu – Paralel Gruplu Randomize Çalışmaların Bildirimi Kılavuzu​3​


STROBE Kılavuzu – Gözlemsel Çalışmaların Bildirimi Kılavuzu​4​


PRISMA – Sistematik Derleme ve Meta Analizler için Kılavuz


GRRAS – Güvenilirlik ve Uygunluk Çalışmaları Bildirimi Kılavuzu


ARRIVE Kılavuzu​8​

Animal Research: Reporting of In Vivo Experiments

Hayvan çalışmalarının bildirilmesi konusunda hazırlanmış bir kılavuzdur.


Çıkar Çatışmaları, Etik, Yazar Olma Kuralları Kılavuzları

ICMJE: Uniform Format for Disclosure of Competing Interests in ICMJE Journals. Updated July 2010.

International Society for Medical Publication Professionals Code of Ethics.

AMWA position statement on the contributions of medical writers to scientific publications

European Medical Writers Association (EMWA) guidelines on the role of medical writers in developing peer-reviewed publications


Faydalı İstatistik Kitapları, Programları ve İnternet Siteleri

Kitaplar

  • Discovering Statistics Using SPSS / SAS / R – Prof. Dr. Andy Field istatistik anlatımını bambaşka bir boyuta geçirerek bu kitaplarla benim vizyonumu açtı desem hiç de yanlış olmaz. Piyasada yer alan hemen hemen tüm Temel İstatistik kitaplarını almış biri olarak anlatım duruluğu, merak eden için ayrıntıya girmesi, işin özünü size vermeye çalışması ve görsel olarak dolu dolu herşeyi anlatmasıyla bence bir klinik araştırmacı için en iyi istatistik kitabı.
  • Introduction to Meta-Analysis (Statistics in Practice) – Borenstein’in klasik kitabı. Okuması kolay. Ancak aşağıda tanıttığım Comprehensive Meta Analysis programı temel alınarak anlatım yapıyor. En temiz ve anlaşılır metinlerden biri. Formülleri okumayıp direk atlamak en doğrusu 🙂

Yazılımlar

Power Analizi ve Örneklem Büyüklüğü Hesabı

  • GPower [Bedava / Windows – Mac] Benim bu yönde tüm ihtiyacımı karşılıyor. Daha iyi bir alternatif bulamazsınız. Hem de bedava.

Meta Analiz

  • Meta-DiSC [Bedava / Windows] Meta analiz için TP, TN, FP, FN girerek hem grafik çizebilir gem de meta analiz gerçekleştirebilirsiniz.
  • MIX [Ücretli / EXCEL add-on] EXCEL üstünde çalışan son derece kapsamlı bir meta analiz programı. Her türlü grafiği de çizmeniz mümkün. Çoğu programı denedikten sonra ben bunda karar kıldım. Sahiplerine yazarak Türkiye için daha düşük bir ücret talebinde bulunabilirsiniz.
  • Comprehensive Meta Analysis [Ücretli – 10 gün tam deneme sürümü] Tam kapsamlı ve ayrı çalışan bir meta analiz programı. Borenstein’in “Introduction to Meta-Analysis (Statistics in Practice)” kitabıyla birebir uyumlu hazırlanmış. Deneme sürümüyle bile son derece etkin çalışmalar yapabilirsiniz.

Paket Programlar

  • JAMOVİ: R tabanlı bir grafik arayüz. Tamamen ücretsiz. Artık hemen hemen tüm analizlerimizde bu yazılımı kullanıyoruz.
  • R [Ücretsiz / Windows – Mac ] R bir proje [http://www.r-project.org/] Ücretsiz bir paket ama çok güçlü. Öğrenme eğrisi biraz dik ve zaman alıyor. Sağlık araştırmacıları arasında pek de popüler olmayan Stata gibi metin temelli bir arayüzle çalışıyor. Ama giderek eklenen parçalarla tamamen görsel bir kullanıcı arayüzü de oluşturulabiliyor. Denemek isteyenler Andy Field’in “Discovering Statistics using R” kitabını alıp öyle başlamalı.
  • SPSS [Ücretli / $$$$$ / Windows – Mac ] Her ne kadar sosyal bilimler için tasarlanmış bir paket olsa da yıllardır en çok kullanılan paket. Alışkın olmak belki de en önemli kullanım sebebi. Satın almaya gücünüzün yetmeyeceği aşikar bir paket. Üniversitenizin toplu aboneliği yoksa yayınlarınızda Metod bölümünde atıf yaparken bir daha düşünmelisiniz.
  • MedCalc [Ücretli / $$  / Windows ] Hem sağlık bilimlerine yönelik olması hem de kullanım kolaylığı ile giderek popülerleşen bir paket. Satın almaya gücünüzün yetecek olması ve kurslarıyla beraber programın bedava verilmesi seçeneği de cabası. Ancak satın alırken güvende kalmak için mutlaka internet üzerinden ve orjinal http://www.medcalc.org/ sitesinden satın alın. Satın almış bir kullanıcı olarak ben giderek daha sık MedCalc kullanıyorum. Görsel grafik çizim seçeneklerinin bir süre daha geliştirilmesine ihtiyacı var.  Ayrıca deneme sürümü tam sürüm ve bu sürümle yaptığınız çalışmalarda MedCalc’i referans olarak gösterebilirsiniz (Belçika merkezli şirketle birebir yazışarak bu konuyu doğrulattım, Türkiye’de aksini iddia eden bir distribütör var kulak asmayın).

Online Siteler

  • Research Randomizer [Bedava / Online] Hastaları gruplara atamak için random sayılar tablosu yerine bu online programcık tüm işinizi görecektir. Son derece yeterli.
  • Vassarstats.net [Bedava / Online] Olağanüsü bir online istatistik hesaplayıcısı. Soldaki menülerde yer alan “Clinical Research Calculators” içerisinden “Calculator 1” ile 4 gözlü bir tablodan duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif prediktif değer, likelihood ratio ve hepsinin %95 güven aralıklarını hesaplayabilirsiniz. Bu özellik paket istatistik programlarında dahi yok. Bunun dışında paket programlarda yer alan ama son derece kenara köşeye saklanmış testler burada hemen önünüzde. STARD kılavuzuna ihtiyacınız olan her çalışmada mutlaka vassarstats da kullanmanız gereklidir diyebilirim.
  • Statistics Hell – Ünlü “Discovering Statistics” serisi kitaplarının yazarı Prof. Dr. Andy Field’ın şahsi istatistik eğitimi sitesi. “Statistics Hellp” kısmında hemen hemen tüm konularla ilgili dersler ve örnekler yer alıyor. Ayrıca Youtube üzerinde derslerini de izlemek mümkün. Bence klinik bioistatistiğin Amal Mattu’su.

Uygun İstatistik Testinin Seçimi

Temel ve Klinik Biyoistatistik kitabında yer alan uygun testin seçimine yönelik akış şemalarını özel bir sayfada uygulamalı hale getirdik. Bu sayfaya aşağıdaki linkten ulaşabilirsiniz.

Uygun istatistik test seçim algoritmaları


Kaynaklar

  1. 1.
    Gagnier JJ, Kienle G, Altman DG, Moher D, Sox H, Riley D. The CARE Guidelines: Consensus-based Clinical Case Reporting Guideline Development. Glob Adv Health Med. September 2013:38-43. doi:10.7453/gahmj.2013.008
  2. 2.
    Cohen JF, Korevaar DA, Altman DG, et al. STARD 2015 guidelines for reporting diagnostic accuracy studies: explanation and elaboration. BMJ Open. November 2016:e012799. doi:10.1136/bmjopen-2016-012799
  3. 3.
    Schulz KF, Altman DG, Moher D. CONSORT 2010 Statement: updated guidelines for reporting parallel group randomised trials. BMJ. March 2010:c332-c332. doi:10.1136/bmj.c332
  4. 4.
    von Elm E, Altman DG, Egger M, Pocock SJ, Gøtzsche PC, Vandenbroucke JP. The Strengthening the Reporting of Observational Studies in Epidemiology (STROBE) Statement: Guidelines for reporting observational studies. International Journal of Surgery. December 2014:1495-1499. doi:10.1016/j.ijsu.2014.07.013
  5. 5.
    Moher D, Shamseer L, et al. Preferred reporting items for systematic review and meta-analysis protocols (PRISMA-P) 2015 statement. Syst Rev. January 2015. doi:10.1186/2046-4053-4-1
  6. 6.
    Beller E, Glasziou P, Altman D, et al. PRISMA for Abstracts: reporting systematic reviews in journal and conference abstracts. PLoS Med. 2013;10(4):e1001419. doi:10.1371/journal.pmed.1001419
  7. 7.
    Kottner J, Audigé L, Brorson S, et al. Guidelines for Reporting Reliability and Agreement Studies (GRRAS) were proposed. Journal of Clinical Epidemiology. January 2011:96-106. doi:10.1016/j.jclinepi.2010.03.002
  8. 8.
    Kilkenny C, Browne WJ, Cuthill IC, Emerson M, Altman DG. Improving Bioscience Research Reporting: The ARRIVE Guidelines for Reporting Animal Research. PLoS Biol. June 2010:e1000412. doi:10.1371/journal.pbio.1000412

Son Söz

Dünyayı yeniden keşfetmeye gerek yok. Eğer hatırı sayılır bir dergide yazınızı yayınlatmak istiyorsanız bu kılavuzlara uygun olarak yazınızı hazırlamış olmanız beklenir. Çünkü hakemler ve editörler bu kılavuzları esas alırlar.

Önce kafanızda bir soru oluşmalı, cevabını aradığınız bir hipoteziniz olmalı. “Pnömotoraksla gelen tüm hastaları toplamak” bir klinik araştırma sorusu değildir. “Pnömotoraksla gelen hastaların değerlendirmesi ve literatürün gözden geçirilmesi” başlıklı bir yazının istediğiniz kalitede bir dergide yayınlanma ihtimali neredeyse sıfırdır. “Pnömotoraks hastalarında travma mekanizmasının pnömotoraks hacmiyle ilişkisi” ise belki de tamamen aynı verilerle sonuçlandırılabilecek daha net bir klinik soruyu soran bir araştırma olacaktır. Sorunuz, nettir: “İlişki (association) var mı?” Sonucunuz da net olacaktır: Var ya da Yok. Bu şekilde net bir soru oluşturunca, hipotezinizi ve amacınızı yazacaksınız. Lehte ve aleyhte benzer çalışmaları okuyup sonuç ve amaçlarını özetleyeceksiniz. Çalışmanızın metodunu yazacaksınız. Gözlemsel olacağından STROBE kılavuzunu açıp ona göre her yerini tamamlayacaksınız. Ardından, tüm bunlardan sonra, hastalarınızı metodolojiye uygun şekilde toplamaya başlamalısınız. İnanın belki de toplamda hem harcayacağınız efor daha az olacak hem de bir klinik çalışmanın yapılması aşamalarını doğru şekilde tatbik etmiş, birsürü eksiğinizi görmüş ve düzeltmiş, yayınlatılma ihtimali daha fazla bir yazıya doğru ilerliyor olacaksınız.

Klinik araştırma, vaka sunumu, bildiri ya da meta-analiz yazıları hazırlamanın aslında en önemli ve ilk basamağının planlama olduğunu herkes bilir ama çok az kişi uygular. Bir klinik araştırma yazısının neredeyse 2/3’ü daha hasta toplanmadan aslında yazılmış olmalıdır. Bunu yaparken de uygun metoda göre aşağıda yer alan kılavuzlardan faydalanılır. İşte bu planlama, hazırlık yazımı ve kılavuzlara uygun şekilde yazım basamakları, aynı metod ve hasta sayısına sahip çok benzer iki yazıdan birinin 10 impakt faktörlü dergide yayınlanırken diğerinin tüm hakemlerden red yemesini sağlayan esas farktır. “Türkiye’den giden yazıları reddediyorlar” mitinin arkasında yatan gerçek aslında “Türkiye’den giden yazılarda Uluslararası kabul gören yazım ve sonuç bildirimi kılavuzlarına uyulmaması”dır. Metodolojisi belirsiz, kılavuzlara uygun yazılmamış, kıt İngilizcemizle “bir gönderelim de onlar reddetsin” mantığıyla gönderdiğimiz yazılarımızdan hüsrana uğramamız kesinken; metodolojisi hasta toplamadan netleştirilmiş, alım ve çıkarma kriterleri net, hipotezi olan, istatistik testleri doğru seçilmiş ve ayrıntısıyla açıklanmış, yazım kılavuzlarına uygun, bir İngilizce profesyonelince çevrilmiş ve dili kontrol edilmiş yazılarımızda şansımız çok daha yüksektir.

30 yıl eskide kalmış, herhangi bir hipotezi test etmeyen, metodu olmayan, sadece demografik verilerin yüzdelerini sıralayan, kılavuzlarla uzaktan yakından alakası olmayan “demografik veri sunumları” ve “literatürün gözden geçirilmesi” yazıları ancak hiç yapılmamışsa, ya da çok büyük bir kohortu tanımlıyorsa faydalı olabilir. 30 kere yapılmışı tekrarlayan bu tip yazıların akademik camialarımızın ilerleyişinde en büyük handikap olduğu inancındayım.


Bu yazıya atıf yapmak için: Haldun Akoğlu. (15 Şubat 2014). Klinik Araştırmacının Temel Kaynakları. İnternet Sitesi: Acilci.Net. Bağlantı: https://www.acilci.net/klinik-arastirmacinin-temel-kaynaklari/. Erişim Tarihi: 6 Aralık 2019.

Daha Fazla Göster

Haldun Akoğlu

Acil Tıp Profesörü, Marmara Üniversitesi Acil Tıp AD Öğretim Üyesi, Acilci.Net'in kurucusu. Türkiye Acil Tıp Dergisi, Cochrane, BMJ EBM gibi dergilerde editör olarak görev yapmaktadır. Klinik araştırma dizaynı ve biyoistatistik konusunda sebepsiz bir ilgi ve meraka sahiptir. Kitabın kalınını, filmin bilim-kurgulusunu, kebabın acısını, arabanın hızlısını sever. Asimov, Osler, Dick ve Gladwell delisidir. 90'larda kurduğu Lise Mezunları sitesiyle Facebook'u önce kendinin bulduğunu iddia eder. Siteyi kurduğundan beri profil fotoğrafını değiştirmemiştir, aslında bayağı sakallı ve yaşlı bir adamdır.

Siz de bu yazıya yorum yapabilirsiniz

This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.

Pin It on Pinterest

Kapalı